【インボイス対応】「消費税課税事業者選択届・不選択届」を提出するケース・提出期限は？/出し忘れの影響や対応方法

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Q175【インボイス制度対応】「消費税課税事業者選択届・不適用届」を提出するケース・提出期限は？/出し忘れの影響や対応方法

Q175【インボイス制度対応】「消費税課税事業者選択届・不適用届」を提出するケース・提出期限は？/出し忘れの影響や対応方法

最終更新日:2022/12/17

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Q175【還付が受けられない！】　「消費税課税事業者選択届」の提出忘れで消費税還付が受けられない？事故が起きやすい事例を解説

この記事は税理士/濱田隆祐により執筆されました。

公認会計士・税理士：濱田隆祐(はまだりゅうすけ)

濱田会計事務所の代表税理士
近畿税理士会神戸支部：登録番号121899
日本公認会計士協会兵庫会：登録番号17074
兵庫県行政書士会：登録番号19300373
1973年生まれ、大阪府豊中市出身
あずさ監査法人出身
クレアビズコンサルティング株式会社：代表取締役
YouTubeチャンネル：濱田会計事務所のちょっとお得な税金の豆知識
相続専門サイト：御影みらい相続センター

消費税に関しては、各種の届出を忘れると適用できない制度が多いため、提出するタイミングを怠ることで、大きな損をする可能性があります。消費税は「届け出」の税金とも言われています。

そこで今回は、消費税関係届出書のうち、「消費税課税事業者選択届」（以下「選択届」と略します）、「消費税課税事業者選択不適用届」（以下「不適用届」と略します）を提出するケースや、提出しなかった場合の影響、実務上の対応方法等につき解説します。

なお、「簡易課税選択届」「簡易課税不選択届」については、Q176をご参照ください。

1. 消費税課税事業者選択届を提出するケース

（１）内容・提出期限

内容	免税事業者が、あえて「課税事業者」を選択する際に提出する書類
提出期限	原則：適用したい課税期間開始日の前日まで例外：事業「開始」(or設立）年度の場合は、開始（設立）事業年度末までOK

（２）どういった場合に提出？

「消費税課税事業者」の場合、「支払消費税＞受取消費税」の状況であえば、消費税が還付されます（簡易課税を除く）。しかし、「免税事業者」の場合は、たとえ上記の状況であっても、消費税還付を受けることができません。
例えば、設立2年間は、原則として「免税事業者」ですので、たとえ支払消費税が多い状況であっても、消費税還付の請求ができません。そこで、消費税免税事業者が、消費税還付を受けることを目的に「選択届」を提出します。
（消費税還付の仕組みについては、Q170をご参照ください）。

具体的には、以下のケースで提出することが考えられます。

初年度の仕入や設備投資が多く、大きな赤字が見込まれる	設立間もない会社では、仕入や設備投資等の初期費用が多く、「支払消費税＞受取消費税」の状況になる場合があります。こういった場合、「選択届」を提出することで、消費税の還付を受けることが可能です。
輸出売上が多い場合	輸出売上は「免税取引」となりますので、消費税を受け取っていません。したがって、「輸出売上」が多い場合は、「支払消費税＞受取消費税」となるケースが多いです。輸出売上をメインとする会社は、「選択届」を提出することで、消費税の還付が受けることが可能です。

なお、「簡易課税」の場合は、そもそも還付を受けることができませんので、「選択届」を提出する場合は、「原則課税」のケースとなります。

（３）注意事項

2期間「継続適用」が強制される ⇒2年トータルでの判断が必要	「消費税課税事業者」を選択した場合、2期間「継続適用」が強制されます。つまり、初年度に「赤字」や「輸出売上が多い」場合でも、2年目に「黒字」や「国内売上が多く見込まれる」場合は、2年目に納税が発生してしまい。2年トータルで見ると損をする可能性があります。したがって、「選択届」を提出するかどうか？は、今後2年間の状況を予測したうえで判断する必要があります。
「調整対象固定資産」「高額特定資産」を取得した場合	調整対象固定資産や高額特定資産を取得した場合は、上記の継続適用が、実質3年縛りとなります。

2期間「継続適用」が強制される
⇒2年トータルでの判断が必要

「消費税課税事業者」を選択した場合、2期間「継続適用」が強制されます。つまり、初年度に「赤字」や「輸出売上が多い」場合でも、2年目に「黒字」や「国内売上が多く見込まれる」場合は、2年目に納税が発生してしまい。2年トータルで見ると損をする可能性があります。
したがって、「選択届」を提出するかどうか？は、今後2年間の状況を予測したうえで判断する必要があります。

「調整対象固定資産」
「高額特定資産」を取得した場合

調整対象固定資産や高額特定資産を取得した場合は、上記の継続適用が、実質3年縛りとなります。

2. 消費税課税事業者選択届の届出を忘れた場合の対応

「選択届」の提出期日は、原則として、「適用したい課税期間開始日の前日まで」となっており、実務上、提出を失念するケースも多くみられます。
例えば、翌年、輸出100％になる場合や、大きな設備投資を予定しているにもかかわらず、提出を失念していた場合は、還付を受けることができません。そこで、提出を失念していた場合の対応策として、以下の点が挙げられます。

(１) 課税期間の短縮

「消費税計算期間」は原則として1年単位ですが、3カ月or１か月に課税期間を短縮することが可能です。もし、「届出書」の提出もれに気づいた場合は、「課税期間を短縮」することで、「新たな課税期間の前日」までに「届出書」を提出すると、影響を最小限に抑えることが可能です。ただし、提出後、最低2年間は「短縮課税期間」での申告が強制されます。

(２) 決算期の変更

法人の場合は、決算期を自由に変更できます。もし「届出書」の提出忘れに気づいた場合は、「決算期を変更」することで「届出書」を提出すると、影響を最小限に抑えることが可能です。

3. 「選択届」提出時期の特例

「選択届」の提出時期は、原則として「適用したい課税期間開始日の前日」となります。
ただし、例外的に、事業「開始」年度のほか（消９④、消令20）、以下の例外が認められています。

(１) 2年以上休業状態事業者の特例

2年以上「国内課税資産等の譲渡や課税仕入等がない状態」で、再び事業を開始した場合（課税資産の譲渡等）」、提出時期は、再開した「事業年度末」に延長されます（消基通1－4－8）。
なお、休業期間中、少なからず「課税仕入」がある場合でも、休業期間中に「課税資産の譲渡（＝売上）」自体がない場合は、「課税資産の譲渡に直接関係のある課税仕入ではない」ものとして、当該特例の適用が認められるようです（税務通信　NO 3614）。

(２）インボイス制度開始に伴う特例

免税事業者が、適格請求書発行事業者の登録（インボイス制度）を受けるためには、原則として、「消費税課税事業者選択届出書」を提出し、課税事業者となる必要がありますが、適格請求書発行事業者登録日が令和５年10月１日から令和11年９月30日までの日の属する課税期間中の場合は、消費税課税事業者選択届を提出しなくても、登録日から課税事業者となる経過措置が設けられています。

4. 消費税課税事業者選択不適用届を提出するケース

（１）内容・提出期限

内容	課税事業者選択事業者が「免税事業者」に戻りたい場合に提出する書類
提出期限	原則：適用をやめたい課税期間開始日の前日まで

（２）どういった場合に提出？

提出する場合は、「選択届」を提出した状況と「逆の状況」になった場合です。課税事業者を選択して「還付」を受けていたが、例えば、国内売上増加等により、「支払消費税＜受取消費税」となる場合は、「課税事業者」を選択するメリットがなくなりますので（消費税納税となる）、「不適用届」提出します。
具体的には、以下のケースが考えられます。

黒字になった場合	従来は大赤字で「還付」を受けていたが、黒字転換して「消費税納付」の状況に変わる場合は、「課税事業者」を選択するメリットはありません。そこで「不適用届」を提出し、「免税事業者」に戻ります。
輸出売上が少なくなった場合（＝国内売上が多くなった場合）	従来は輸出が多かったが、国内売上（課税売上）が増加する状況に変わる場合は、「課税事業者」を選択するメリットはありません。そこで「不適用届」を提出し「免税事業者」に戻ります。

（３）注意事項

基準期間の課税売上高が1,000万円超の場合は提出不可	基準期間（2年前）の課税売上高が1,000万円超の場合は、そもそも「免税事業者」の選択自体ができませんので、提出できません。
2年縛り終了後でしか提出できない。	先ほどお伝えした通り、課税事業者選択には「2年縛り」がありますので、「不適用届」の提出時期に制約があります。（調整対象固定資産等の取得がある場合は「3年縛り」）